Д.Р. КАЙДАРОВА ^1,2, Н.А. ОМАРБАЕВА ^1,2, Д.Х. ОМАРОВ ², А.Ж. АБДРАХМАНОВА ¹, К.К. СМАГУЛОВА ¹, Т.Г. ГОНЧАРОВА ¹

1. «Қазақ онкология және радиология ғылыми-зерттеу институты» АҚ, Алматы, Қазақстан Республикасы;
2. «С.Д. Асфендияров атындағы Қазақ Ұлттық Медицина Университеті» КЕАҚ, Алматы, Қазақстан Республикасы

DOI: https://www.doi.org/10.52532/2521-6414-2023-3-69-72-78

ОӘЖ: 618.19-006.66:575.113(57.088)

Жыл: 2023 шығарылуы: 69 номер: 3 беттер: 72-78

PDF файлын жүктеп алыңыз:

АҢДАТПА

Өзектілігі: Сүт безі обыры (СБО) Қазақстан Республикасындағы денсаулық сақтаудың негізгі проблемаларының бірі болып табылады. Қазақстанда және бүкіл әлемде сүт безі қатерлі ісігінің дамуына ықпал ететін генетикалық факторларды анықтау үшін геномдық ассоциативті зерттеулер жүргізілуде (ағылш. genome-wide association studies, GWAS). GWAS әдісі белгілі бір бір нуклеотидті полиморфизмдер арасындағы байланысты табуға көмектеседі (ағылш. Single Nucleotide Polymorphism, SNP) геномда және патологиялық жағдайлардың дамуында, соның ішінде СБО, 170-тен астам геномдық учаскелерді анықтау. СБО-мен байланысты локустарды іздеуден басқа, бұл зерттеулер реттеуші аймақтарда орналасқан SNP арқылы СБО тұқым қуалаушылық туралы түсінігімізді, сондай-ақ емдеуді жекелендіру мақсатында дәрілік заттардың метаболизмімен байланысты ДНҚ нұсқаларын анықтауды кеңейтті.
Зерттеудің мақсаты – GWAS негізіндегі генетика саласындағы заманауи әдістердің негізгі тұжырымдамаларын қамту.
Әдістері: Тиісті ақпаратты іріктеу және талдау үшін PubMed, Scopus, WOS Catalog Cochrane database of Systematic Reviews және т.б. базаларында әдебиет деректерін іздеу жүргізілді.
Нәтижелер: Мақалада СБО саласындағы маңызды GWAS зерттеулері сипатталған, аурудың дамуымен байланысты белгілі бір гендер сипатталған, кемшіліктер анықталған, сондай-ақ Қазақстан Республикасында GWAS одан әрі даму стратегиялары анықталған.
Қорытынды: GWAS нәтижелері сүт безі қатерлі ісігінің даму қаупіне ықпал ететін биологиялық механизмдер туралы түсінігімізді жақсартуға көмектесті және сайып келгенде, ауруды емдеудің жаңа мақсатты әдістерінің дамуына әкелуі мүмкін.
Түйін сөздер: Сүт безі обыры, толық геномдық қауымдастырылған зерттеулер (Genome-Wide Association Studies), бір нуклеотидті полиморфизм (Single Nucleotide polymorphism), полигендік тәуекел индексі (polygenic risk score).

Пайдаланылған әдебиеттер тізімі:

1. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ). Рак молочной железы: информационный бюллетень. – 12 июля 2023 г. [Vsemirnaya organizaciya zdravooxraneniya (VOZ). Rak molochnoj zhelezy: informacionnyj byulleten’. – 12 iyulya 2023 g. (in Russ)]. https://www.who.int/ru/news-room/fact-sheets/detail/breast-cancer. 25.09.2023
2. Кайдарова Д.Р., Шатковская О.В., Оңғарбаев Б.Т., Сейсенбаева Г.Т., Ажмагамбетова А.Е., Жылқайдарова А.Ж., Лаврентьева И.К., Саги М.С. Показатели онкологической службы Республики Казахстан за 2021 год: Статистические и аналитические материалы – Алматы: КазНИИОиР, 2022. – 226 с. [Kajdarova D.R., Shatkovskaja O.V., Ongarbaev B.T., Sejsenbaeva G.T., Azhmagambetova A.E., Zhylkajdarova A.Zh., Lavrent’eva I.K., Sagi M.S. Pokazateli onkologicheskoj sluzhby Respubliki Kazahstan za 2021god: Statisticheskie i analiticheskie materialy. – Almaty: KazNIIOiR, 2022. – 226 s. (in Russ)]. https://onco.kz/news/pokazateli-onkologicheskoj-sluzhby-respubliki-kazahstan-za-2020-god/
3. Screening, survival and mortality for breast cancer. OECD Indicators: Paris, OECD Publishing, 2017. – P. 216. https://doi.org/10.1787/19991312
4. Uffelmann E., Huang Q.Q., Munung N.S., Vries J., Okada Y., Martin A.R., Martin H.C., Lappalainen T., Posthuma D. Genome-wide association studies // Nat. Rev. Methods Primers. – 2021. – Vol. 59. – P. 1-21. https://doi.org/10.1038/s43586-021-00056-9
5. Manolio T.A., Collins F.S., Cox N.J., Goldstein D.B., Hindorff L.A., Hunter D.J., McCarthy M.I., Ramos E.M., Cardon L.R., Chakravarti A., Cho J.H., Guttmacher A.E., Kong A., Kruglyak L., Mardis E., Rotimi C.N., Slatkin M., Valle D., Whittemore A.S., Boehnke M., Visscher P.M. Finding the missing heritability of complex diseases // Nature. – 2009. – Vol. 461(7265). – P. 747-753. https://doi.org/10.1038/nature08494
6. Reed E., Nunez S., Kulp D., Qian J., Reilly M.P., Foulkes A.S. A guide to genome-wide association analysis and post-analytic interrogation // Statistics in medicine. – 2015. – Vol. 34(28). – P. 3769–3792. https://doi.org/10.1002/sim.6605
7. Howles S.A., Wiberg A., Goldsworthy M., Bayliss A.L., Gluck A.K., Ng M., Grout E., Tanikawa C., Kamatani Y., Terao C., Takahashi A., Kubo M., Matsuda K., Thakker R.V., Turney B.W., Furniss D. Genetic variants of calcium and vitamin D metabolism in kidney stone disease // Nature communications. – 2019. – Vol. 10(1). – P. 5175. https://doi.org/10.1038/s41467-019-13145-x
8. Green E.D., Watson J.D., Collins F.S. Human Genome Project: Twenty-five years of big biology // Nature. – 2015. – Vol. 526(7571). – P. 29-31. https://doi.org/10.1038/526029a
9. Klein R.J., Zeiss C., Chew E.Y., Tsai J.Y., Sackler R.S., Haynes C., Henning A.K., SanGiovanni J.P., Mane S.M., Mayne S.T., Bracken M.B., Ferris F.L., Ott J., Barnstable C., Hoh J. Complement factor H polymorphism in age-related macular degeneration // Science. – 2005. – Vol. 308(5720). – P. 385–389. https://doi.org/10.1126/science.1109557
10. Welter D., MacArthur J., Morales J., Burdett T., Hall P., Junkins H., Klemm A., Flicek P., Manolio T., Hindorff L., Parkinson H. The NHGRI GWAS Catalog, a curated resource of SNP-trait associations // Nucleic acids research. – 2014. – Vol. 42. – P. 1001-1006. https://doi.org/10.1093/nar/gkt1229
11. Easton D.F., Pooley K.A., Dunning A.M., Pharoah P.D., Thompson D., Ballinger D.G., Struewing J.P., Morrison J., Field H., Luben R., Wareham N., Ahmed S., Healey C.S., Bowman R., Meyer K.B., Haiman C.A., Kolonel L.K., Henderson B.E., Le Marchand L., Ponder B.A. Genome-wide association study identifies novel breast cancer susceptibility loci // Nature. – 2007. –Vol. 447(7148). – P. 1087-1093. https://doi.org/10.1038/nature05887
12. Shan J., Dsouza S.P., Bakhru S., Al-Azwani E.K., Ascierto M.L., Sastry K.S., Bedri S., Kizhakayil D., Aigha I.I., Malek J., Al-Bozom I., Gehani S., Furtado S., Mathiowitz E., Wang E., Marincola F.M., Chouchane L. TNRC9 downregulates BRCA1 expression and promotes breast cancer aggressiveness // Cancer Res. – 2013. – Vol. 73(9). – P. 2840-2849. https://doi.org/10.1158/0008-5472.
13. Michailidou K., Hall P., Gonzalez-Neira A., Ghoussaini M., Dennis J., Milne R.L., Schmidt M.K., Chang-Claude J., Bojesen S.E., Bolla M.K., Wang Q., Dicks E., Lee A., Turnbull C., Rahman N., Fletcher O., Peto J., Gibson L., Dos Santos Silva I., Easton D.F. Large-scale genotyping identifies 41 new loci associated with breast cancer risk // Nat. Genet. – 2013. – Vol. 45(4). – P. 353–361. https://doi.org/10.1038/ng.2563
14. Qian D.C., Byun J., Han Y., Greene C.S., Field J.K., Hung R.J., Brhane Y., Mclaughlin J.R., Fehringer G., Landi M.T., Rosenberger A., Bickeböller H., Malhotra J., Risch A., Heinrich J., Hunter D.J., Henderson B.E., Haiman C.A., Schumacher F.R., Eeles R.A., Amos C.I. Identification of shared and unique susceptibility pathways among cancers of the lung, breast, and prostate from genome-wide association studies and tissue-specific protein interactions // Hum. Mol. Genet. – 2015. – Vol. 24(25). – P. 7406-7420. https://doi.org/10.1093/hmg/ddv440
15. Uitterlinden A.G. An Introduction to Genome-Wide Association Studies: GWAS for Dummies // Seminars in reproductive medicine. – 2016. – Vol. 34(4). P. 196–204. https://doi.org/10.1055/s-0036-1585406
16. Wang M.H., Cordell H.J., Van Steen K. Statistical methods for genome-wide association studies // Seminars in cancer biology. – 2019. – Vol.  55. P. 53–60. https://doi.org/10.1016/j.semcancer.2018.04.008
17. Martin A.R., Kanai M., Kamatani Y., Okada Y., Neale B.M., Daly M.J. Clinical use of current polygenic risk scores may exacerbate health disparities // Nat. Genet. – 2019. – Vol. 51(4). – P. 584-591. https://doi.org/10.1038/s41588-019-0379-x
18. Wang S., Qian F., Zheng Y., Ogundiran T., Ojengbede O., Zheng W., Blot W., Nathanson K.L., Hennis A., Nemesure B., Ambs S., Olopade O.I., Huo D. Genetic variants demonstrating flip-flop phenomenon and breast cancer risk prediction among women of African ancestry // Breast Cancer Res. Treat. – 2018. – Vol. 168(3). – P. 703-712. https://doi.org/10.1007/s10549-017-4638-1
19. Saghatchian M., Abehsera M., Yamgnane A., Geyl C., Gauthier E., Hélin V., Bazire M., Villoing-Gaudé L., Reyes C., Gentien D., Golmard L., Stoppa-Lyonnet D. Feasibility of personalized screening and prevention recommendations in the general population through breast cancer risk assessment: results from a dedicated risk clinic // Breast Cancer Res. Treat. – 2022. – Vol. 192(2). – P. 375-383. https://doi.org/10.1007/s10549-021-06445-8
20. Michailidou K., Beesley J., Lindstrom S., Canisius S., Dennis J., Lush M.J., Maranian M.J., Bolla M.K., Wang Q., Shah M., Perkins B.J., Czene K., Eriksson M., Darabi H., Brand J.S., Bojesen S.E., Nordestgaard B.G., Flyger H., Nielsen S.F., Rahman N., Easton D.F. Genome-wide association analysis of more than 120,000 individuals identifies 15 new susceptibility loci for breast cancer // Nat. Genet. – 2015. – Vol. 47(4). – P. 373-380. https://doi.org/10.1038/ng.3242
21. Palomba G., Loi A., Porcu E., Cossu A., Zara I., Budroni M., Dei M., Lai S., Mulas A., Olmeo N., Ionta M.T., Atzori F., Cuccuru G., Pitzalis M., Zoledziewska M., Olla N., Lovicu M., Pisano M., Abecasis G.R., Uda M., Palmieri G. Genome-wide association study of susceptibility loci for breast cancer in Sardinian population // BMC cancer. – 2015. – Vol. 15. – P. 383. https://doi.org/10.1186/s12885-015-1392-9
22. Han M.R., Long J., Choi J.Y., Low S.K., Kweon S.S., Zheng Y., Cai Q., Shi J., Guo X., Matsuo K., Iwasaki M., Shen C.Y., Kim M.K., Wen W., Li B., Takahashi A., Shin M.H., Xiang Y.B., Ito H., Kasuga Y., Zheng W. Genome-wide association study in East Asians identifies two novel breast cancer susceptibility loci // Hum. Mol. Genet. – 2016. – Vol. 25(15). – P. 3361-3371. https://doi.org/10.1093/hmg/ddw164
23. Couch F.J., Kuchenbaecker K.B., Michailidou K., Mendoza-Fandino G.A., Nord S., Lilyquist J., Olswold C., Hallberg E., Agata S., Ahsan H., Aittomäki K., Ambrosone C., Andrulis I.L., Anton-Culver H., Arndt V., Arun B.K., Arver B., Barile M., Barkardottir R.B., Barrowdale D., Antoniou A.C. Identification of four novel susceptibility loci for oestrogen receptor negative breast cancer // Nat. Comm. – 2016. – Vol. 7. – P. 11375. https://doi.org/10.1038/ncomms11375
24. Wu L., Yao L., Zhang H., Ouyang T., Li J., Wang T., Fan Z., Fan T., Lin B., Yin C.C., Xie Y. A genome-wide association study identifies WT1 variant with better response to 5-fluorouracil, pirarubicin and cyclophosphamide neoadjuvant chemotherapy in breast cancer patients // Oncotarget. – 2016. – Vol. 7(4). – P. 5042-5052. https://doi.org/10.18632/oncotarget.5837
25. Michailidou K., Lindström S., Dennis J., Beesley J., Hui S., Kar S., Lemaçon A., Soucy P., Glubb D., Rostamianfar A., Bolla M.K., Wang Q., Tyrer J., Dicks E., Lee A., Wang Z., Allen J., Keeman R., Eilber U., French J.D., Easton D.F. Association analysis identifies 65 new breast cancer risk loci // Nature. – 2017. – Vol. 551(7678). – P. 92-94. https://doi.org/10.1038/nature24284
26. Milne R.L., Kuchenbaecker K.B., Michailidou K., Beesley J., Kar S., Lindström S., Hui S., Lemaçon A., Soucy P., Dennis J., Jiang X., Rostamianfar A., Finucane H., Bolla M.K., McGuffog L., Wang Q., Aalfs C.M., Adams M., Adlard J., Simard J. Identification of ten variants associated with risk of estrogen-receptor-negative breast cancer // Nat. Genet. – 2017. – Vol. 49(12). – P. 1767-1778. https://doi.org/10.1038/ng.3785
27. Ferreira M.A., Gamazon E.R., Al-Ejeh F., Aittomäki K., Andrulis I.L., Anton-Culver H., Arason A., Arndt V., Aronson K.J., Arun B.K., Asseryanis E., Azzollini J., Balmaña J., Barnes D.R., Barrowdale D., Beckmann M.W., Behrens S., Benitez J., Bermisheva M., Białkowska K., Chenevix-Trench G. Genome-wide association and transcriptome studies identify target genes and risk loci for breast cance // Nat. Comm. – 2019. – Vol. 10(1). – P. 1741. https://doi.org/10.1038/s41467-018-08053-5
28. Morton L.M., Sampson J.N., Armstrong G.T., Chen T.H., Hudson M.M., Karlins E., Dagnall C.L., Li S.A., Wilson C.L., Srivastava D.K., Liu W., Kang G., Oeffinger K.C., Henderson T.O., Moskowitz C.S., Gibson T.M., Merino D.M., Wong J.R., Hammond S., Neglia J.P., Robison L.L. Genome-Wide Association Study to Identify Susceptibility Loci That Modify Radiation-Related Risk for Breast Cancer After Childhood Cancer // J. Natl. Cancer Inst. – 2017. – Vol. 109(11). – P. 58. https://doi.org/10.1093/jnci/djx058
29. Zhang H., Ahearn T.U., Lecarpentier J., Barnes D., Beesley J., Qi G., Jiang X., O’Mara T.A., Zhao N., Bolla M.K., Dunning A.M., Dennis J., Wang Q., Ful Z.A., Aittomäki K., Andrulis I. L., Anton-Culver H., Arndt V., Aronson K.J., Arun B.K., García-Closas M. Genome-wide association study identifies 32 novel breast cancer susceptibility loci from overall and subtype-specific analyses // Nat. Genet. – 2020. – Vol. 52(6). – P. 572-581. https://doi.org/10.1038/s41588-020-0609-2
30. Kairov U., Molkenov A., Sharip A., Rakhimova S., Seidualy M., Rhie A., Kozhamkulov U., Zhabagin M., Kim J.I., Lee J.H., Terwilliger J.D., Seo J.S., Zhumadilov Z., Akilzhanova A. Whole-Genome Sequencing and Genomic Variant Analysis of Kazakh Individuals // Front. Genet. – 2022. – Vol. 13. – P. 902804. https://doi.org/10.3389/fgene.2022.902804